Formata a metà degli anni ottanta da 2 chierici indonesiani, JI divenne un'organizzazione terroristica, quando uno dei soci fondatori, Abdullah Sungkar, entrò in contatto con Osama bin Laden e al Qaeda. JI ha diffusione per includere le cellule terroristiche in ogni paese nel sud-est asiatico e in Australia. Il principale obiettivo dell'organizzazione è la creazione di un sud-est asiatico unificata stato islamico che vogliono nel sud delle Filippine si estendono dal sud della Thailandia, penisola malese, comprendendo Singapore e in tutto l'arcipelago indonesiano. Sono più attivi in Indonesia, Malaysia, Thailandia e le isole meridionali delle Filippine, dove essi affermano di guerra santa contro gli agenti di "Imperialismo occidentale" e altri che si oppongono il loro movimento.

Attualmente guidato da chierico Abu Bakar Bashir, il JI è pensato per essere responsbile per ottobre, bombardamenti 2002 di Bali, il Marriott bombardamenti nell'agosto del 2003 e un complotto fallito per bomba U.S. e ambasciate israeliane e gli edifici diplomatici britannici e australiani a Singapore nel dicembre 2001.